En Abril de 1988, Viernes Santo, realiza su primera estación de penitencia la imagen del Santísimo Cristo.
Su fundador, D. José Macias Soto, concejal de festejos del Ayuntamiento de Alcalá de Henares por aquel entonces, visita el convento de las M. M. Carmelitas Descalzas, quedando impresionado ante la belleza de la imagen . Posteriormente este pide a las Madres Carmelitas poder sacar la imagen en procesión, dando esta gran responsabilidad a los peñistas de la ciudad y poder formar una cofradía. La madre priora da su visto bueno y pone toda su confianza en estos jóvenes.
En 1989 después de tener una gran aceptación por el pueblo de Alcalá en su primera salida procesional el año anterior, se traslada dicha estación al Miércoles Santo. Los jóvenes peñistas realizaron su estación portando la imagen del Cristo sobre sus hombros bajo el nombre de (Asociación Pública de las Peñas, Cristo de la Columna).
El 11 de Junio de 1989 se aprueban los estatutos firmándolos D. Ángel Suquia Goicoechea, cardenal-arzobispo de Madrid - Alcalá. Desde entonces pasa a llamarse Cofradía del Stmo. Cristo atado a la Columna. Seguidamente se eligió la primera junta de gobierno de la Cofradía, siendo designado como hermano mayor D. Pascual de Diego Bailón, siendo el primer capellán D. Juan Bautista Ciudad Solana.
Por entonces la Cofradía realizaba su estación de penitencia, con unas andas portadas por 8 anderos, sorprendiendo ya que era poco habitual este tipo de carga.
En 1992 la Cofradía adquiere un nuevo paso realizado en los talleres Martínez de Horche.
En 1997 se da el hermanamiento de nuestra Cofradía con la hermandad de Ntra. Sra. de la Soledad Coronada que es ratificado por el obispo D. Manuel Ureña Pastor.
En 1999 se encarga a D. Francisco Delgado Calvo el estudio de un blasón para la Cofradía, a la cual dona.
El 2 de Junio de 2002 sale elegida una nueva junta de gobierno quedando como hermano mayor D. Francisco Muñoz González.
El 16 de Junio del año 2003 es una fecha que todos los hermanos de esta Cofradía recordarán para siempre en sus corazones ya que fallece nuestro queridísimo capellán D. Juan.
Este mismo año después del verano es asignado como nuevo Capellán D. Francisco José Ruiz Martínez, debido a la petición de nuestra Cofradía a la brigada paracaidista para que su capellán destinado sea el de nuestra Cofradía con el permiso de nuestro obispo diocesano. En el año 2005 deja de ser capellán siendo destinado fuera de nuestra ciudad tomando el cargo D. José Casanova Iglesias.
La Cofradía cambia el paso adquiriendo uno nuevo de los talleres López en Torredonjimeno (Jaén).
El 5 de Abril de 2006 D. Ángel Cordero Cordero, Vicario General Castrense de España, bendice la imagen de Mª Santísima de las Lágrimas y del Consuelo que meses después entra dentro de nuestra familia cofrade siendo cotitular de la Cofradía.